دراسات الحالة
كيناز — مثال تعليمي Abl/imatinib
بيانات تعليمية. imatinib دواء معروف تجريبياً؛ الحساب هنا تفسير لا اكتشاف.
biology: مسارات انقسام. مثبطات ATP-site معروفة سريرياً. هذا ملف تعليمي لا ادعاء اكتشاف.
structure: 1IEP بنية عامة لـ Abl مع imatinib (STI). افحص الجودة قبل التصميم.
pocket: مفصلة hinge وجيب خلفي كاره للماء. DFG-in/out يغيّر الشكل.
design: حافظ على H-bond المفصلة؛ عدّل الذيل للانتقائية بحذر.
docking: إعادة تحام STI قبل أي مكتبة. فشل إعادة التحام يوقف الفرز.
md: نُسخ إن سألت عن بقاء الذيل لا عن «دواء».
energy: لا MM/PBSA بين كيموتypes بعيدة عن STI.
optimization: الانتقائية مقابل كينازات القريب مشكلة جيوب متشابهة.
PDB 1IEP
GPCR — حذر بنيوي
مثال صنف لا بروتوكول جاهز لهدف غير محدد.
biology: إشارات غشائية. حالات نشطة/خاملة.
structure: بلورات/cryo-EM مع غشاء ودهون. AlphaFold قد يُغلق الجيب.
pocket: جيب orthosteric عميق؛ مواقع allosteric شائعة.
design: لا تخلط حالة activation.
docking: الصندوق في الغشاء سهّل الخطأ. وثّق.
md: غشاء صريح مكلف. أعلن النموذج الدهني.
energy: ماء محبوس في الجيب قد يهيمن.
optimization: BBB وlogD إن كان الهدف مركزياً.
بروتياز — حرباء وماء
تعليمي. لا تختلق IC50.
biology: قطع ببتيد. مثبطات تساهمية وغير تساهمية.
structure: حفرة حفزية مع ثالوث أو ثنائي. افحص حالة Cys/Ser.
pocket: Subsites S1–S3 تُعرِّف الانتقائية.
design: حرباء ليست درجة Vina.
docking: التحام تساهمي يفرض الرابطة لا الحركية.
md: MM لا يكوّن الرابطة. QM/MM أو مقايسة k_inact.
energy: ماء في S1 قد يكون الفارماكوفور.
optimization: ببتيدوميتيك مقابل نفاذية.