Skip
Cأكاديمية CADD

KaTeX

مستكشف المعادلات

تجزئة غيبس

ΔG=ΔH−TΔS\Delta G = \Delta H - T\Delta S

ارتباط مواتٍ من إنثالبي أو إنتروبي أو كليهما.

  • \Delta H الإنثالبي · kcal mol⁻¹
  • T\Delta S حد الإنتروبي · kcal mol⁻¹

تعويض إنثالبي−إنتروبي شائع. لا تفسّر القوة من عدد H-bonds وحده.

تطبيق في التصميم الدوائي: ITC مقابل حساب نهاية الحالة.

ارتباط وKd

ΔG∘=RTln⁡(Kd/c∘)\Delta G^{\circ} = RT \ln (K_d / c^{\circ})

المعيار c° (غالباً 1 M) جزء من التعريف.

  • K_d ثابت التفكك · M

رتبة عشرية في Kd ≈ 1.4 kcal/mol عند 298 K.

تطبيق في التصميم الدوائي: تحويل مقايسة إلى طاقة، لا العكس من درجة تحام.

القوة من الكمون

F=−∇V\mathbf{F} = -\nabla V

الذرة تتدحرج على سطح V الذي عرّفه الحقل.

  • V كمون المجال

خطأ V خطأ حركة.

تطبيق في التصميم الدوائي: كل خطوة MD.

نيوتن

Fi=miai\mathbf{F}_i = m_i \mathbf{a}_i

تسارع يتناسب عكسياً مع الكتلة.

  • m_i كتلة الذرة

الهيدروجين يحدّ الخطوة ما لم يُقيَّد.

تطبيق في التصميم الدوائي: قيود LINCS/SHAKE.

لينارد-جونز

ELJ=4ε[(σ/r)12−(σ/r)6]E_{\mathrm{LJ}}=4\varepsilon\left[(\sigma/r)^{12}-(\sigma/r)^{6}\right]

طرد قصير وتشتت.

  • \varepsilon عمق البئر
  • \sigma مسافة صفر الطاقة

الأس 12 ملائم لا مقدّس.

تطبيق في التصميم الدوائي: تصادم ليغند–جيب.

كولوم

Eel=14πε0qiqjrijE_{\mathrm{el}}=\frac{1}{4\pi\varepsilon_0}\frac{q_i q_j}{r_{ij}}

نقاط شحن.

  • q شحنة جزئية

طريقة اشتقاق q قرار فيزيائي.

تطبيق في التصميم الدوائي: برتنة ومعادن وPME.

RMSD

RMSD=1N∑i∥xi−yi∥2\mathrm{RMSD}=\sqrt{\frac{1}{N}\sum_i \| \mathbf{x}_i - \mathbf{y}_i \|^2}

مسافة إقليدية متوسطة بعد مواءمة عادة.

  • N عدد الذرات

ليس طاقة ولا تقارب.

تطبيق في التصميم الدوائي: إعادة تحام ومسارات.

تانيموتو

T(A,B)=∣A∩B∣∣A∪B∣T(A,B)=\frac{|A \cap B|}{|A \cup B|}

تقاطع على اتحاد بتات.

  • A,B مجموعتا البتات

يعتمد على البصمة. 0.7 ليست ثابتة.

تطبيق في التصميم الدوائي: بحث تشابه وتجميع.