شارح الأوامر

GROMACS

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o processed.gro -water tip3p

بناء طوبولوجيا البروتين واختيار الحقل والماء.

لماذا؟: بلا طوبولوجيا لا توجد قوى.

المُدخل: PDB منظّف نسبياً. · المُخرج: .gro و topol.top و posre.

هنا تُثبَّت فيزياء الذرات: أنواع، شحنات، روابط.

أخطاء شائعة: بقايا غير قياسية، هيئات بديلة، أو سلسلة ناقصة.

GROMACS

gmx editconf -f processed.gro -o boxed.gro -c -d 1.0 -bt dodecahedron

صندوق ودورانcentering مع هامش للمذيب.

لماذا؟: الصندوق جزء من الفيزياء الدورية.

المُدخل: بنية بعد pdb2gmx. · المُخرج: بنية في صندوق.

الهامش قرار PBC: صغير جداً تلامس الصور.

أخطاء شائعة: PBC لاحق إن كان -d أصغر من القطع.

GROMACS

gmx solvate -cp boxed.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top

ملء الصندوق بماء النموذج المختار.

لماذا؟: الإذابة الصريحة تُكلّف وتعطي فيزياء أفضل للقطبية.

المُدخل: صندوق فارغ وطوبولوجيا. · المُخرج: نظام مُذاب وtop محدّث.

الماء شريك ارتباط لا خلفية.

أخطاء شائعة: عدم تحديث top يُسقط grompp.

GROMACS

gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

تجميع مدخلات إلى tpr: فحص المsdp والتوافق.

لماذا؟: الفشل هنا أرخص من مسار فاسد.

المُدخل: mdp + إحداثيات + top. · المُخرج: tpr أو أخطاء صريحة.

grompp محامٍ: يرفض تناقضات قبل المضي.

أخطاء شائعة: شحنة غير متعادلة، قطع > نصف الصندوق، مفاتيح مهجورة.

GROMACS

gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -neutral

تعادل الشحنة بأيونات.

لماذا؟: الحياد شرط كهرومستاتيك دوري نظيف.

المُدخل: tpr مُذاب. · المُخرج: أيونات بدل جزيئات ماء.

الشحنة الصافية تشوّه PME الدوري.

أخطاء شائعة: مجموعة solvent خاطئة.

GROMACS

gmx mdrun -deffnm md -cpi md.cpt

تكامل الحركة؛ -cpi لاستئناف.

لماذا؟: checkpoint يحمي الإحصاء من قتل العنقود.

المُدخل: tpr (و cpt إن وُجد). · المُخرج: xtc/trr, edr, log, cpt.

هنا تُخلَق المعاينة. الجودة من المsdp لا من طول الأمر.

أخطاء شائعة: LINCS warnings، انفجار طاقة، امتلاء قرص.

GROMACS

gmx rms -s md.tpr -f md.xtc -o rmsd.xvg

RMSD بعد اختيار مجموعات المواءمة والقياس.

لماذا؟: المواءمة قرار علمي يُذكر.

المُدخل: tpr ومسار. · المُخرج: منحنى زمني.

انحراف عن مرجع بعد إزالة الانزلاق الصلب إن حاذيت.

أخطاء شائعة: محاذاة على الليغند ثم قياس الليغند يخفي الحركة النسبية.

AutoDock Vina

vina --receptor rec.pdbqt --ligand lig.pdbqt --config conf.txt --out out.pdbqt

بحث هيئات وتقييم تقريبي.

لماذا؟: الدرجة ليست Kd.

المُدخل: مستقبل وليغند pdbqt وصندوق. · المُخرج: هيئات مرتّبة بدرجات.

exhaustiveness جهد بحث لا ضمان حد عالمي.

أخطاء شائعة: صندوق بعيد عن الجيب، بروتنة خاطئة، ليغند غير مُحضَّر.