مقارنة الطرائق
| التحام | ديناميكا جزيئية | |
|---|---|---|
| السؤال | هيئة ممكنة رخيصة | حركة ومعاينة تحت نموذج |
| التكلفة | ثوانٍ–دقائق | ساعات–أسابيع |
| ليست | ΔG | فيلم الجزيء الحقيقي |
| MM/PBSA | FEP نسبي | |
|---|---|---|
| المسار | نهاية حالة تقريبية | تحول كيميائي بنافذة λ |
| الاستخدام | إشارة داخل سلسلة ضيقة | فرق ذرة يستحق عنقوداً |
| Vina (مفهوم) | Glide (مفهوم) | |
|---|---|---|
| الوصول | مفتوح شائع تعليمياً | تجاري؛ لا ندّعي تشغيلاً هنا |
| المشترك | بحث + تقييم ≠ محاكاة ارتباط | نفس الحد: تحقق الموقع والبروتنة |
| TIP3P | TIP4P-class | |
|---|---|---|
| التكلفة | أرخص | موقع رابع؛ أثقل |
| الدقة | شائع مع Amber | بعض خصائص الماء أفضل أحياناً |
| الاختيار | اتساق مع الحقل | اتساق مع الحقل أيضاً |
| مذيب صريح | مذيب ضمني | |
|---|---|---|
| الفيزياء | جزيئات ماء وجسور | متصل عازل |
| التكلفة | عالية | أقل |
| الخطر | معاينة ناقصة | فقدان ماء محبوس |