قاعدة الأخطاء
الدرجة = الألفة
دوال التقييم مرتِّبات تقريبية.
العواقب: أولوية إصابات كاذبة وادّعاء اكتشاف.
المنهج الأفضل: تحقق + طرائق متعامدة + تجربة.
RMSD مسطح = مستقر
المسطّح قد يعني بئراً محلية أو قيوداً أو معاينة لم تبدأ.
العواقب: ورقة تدّعي استقرار المعقّد بلا دليل طاقة.
المنهج الأفضل: نُسخ، مشاهدات أخرى، ومعيار تقارب مكتوب مسبقاً.
تجاهل البروتنة
الشحنة تغيّر Coulomb وكل هيئة.
العواقب: جسور ملحية وهمية أو مفقودة.
المنهج الأفضل: pKa، توتومر، وفحص His/Asp/Glu قبل الالتحام.
حذف المعدن والماء
قد يكونان جزءاً من الفارماكوفور.
العواقب: جيب هندسي كاذب.
المنهج الأفضل: حفظ ما هو محفوظ عائلياً أو معلَّل.
MM/PBSA كمقياس
خطأ غالباً أكبر من الفروق بين كيموتypes متباعدة.
العواقب: ترتيب تخليق وهمي.
المنهج الأفضل: سلسلة ضيقة، نُسخ، أو FEP/تجربة.
100 ns بلا نُسخ
حظ البذرة ليس إحصاءً.
العواقب: بقاء أو خروج غير قابل للتعميم.
المنهج الأفضل: ثلاث نُسخ على الأقل وسؤال صادق عن النافذة.
خلط IC50 وKd
IC50 شرط مقايسة.
العواقب: مقارنة عبر أوراق بلا معنى.
المنهج الأفضل: سمِّ النهاية والشروط.
QSAR خارج النطاق
النموذج يتعلم جيرانه لا الكون.
العواقب: نانومولار متخيَّل.
المنهج الأفضل: أعلن AD ولا تنشر خارجها كحقيقة.
لغة «دواء واعد» من تحام
الدواء قرار سريري/ADMET/تجربة.
العواقب: رفض المحكّم ومحق.
المنهج الأفضل: «فرضية هيئة لاختبار تجريبي».
خلط حقول القوة
فلسفات شحن وvdW مختلفة.
العواقب: طاقة غير فيزيائية.
المنهج الأفضل: اتساق بروتين–ليغند–ماء.