الديناميكا الجزيئية

من F = ma إلى التقارب الإحصائي. الجودة أهم من طول المسار.

الفيزياء

المكاملات والخطوة الزمنية.

من نيوتن إلى المحاكاة

F = ma وF = −∇V.

24 دقيقة

المكاملات والخطوة الزمنية

Verlet وقيود الهيدروجين و2 fs.

26 دقيقة

تحضير النظام

بروتين + ليغند + حقل + ماء + أيونات.

30 دقيقة

الحدود الدورية والمذيب

TIP3P وPME ولماذا الصندوق أهم مما يبدو.

28 دقيقة

البروتوكول

التقليل، الاتزان، والإنتاج.

تقليل الطاقة

انحدار حاد وتدرج مرافق.

18 دقيقة

NVT وNPT ومنظمات الحرارة والضغط

بيرندسن ليس للقياس الإنتاجي بلا وعي.

32 دقيقة

محاكاة الإنتاج

الطول لا يشتري التقارب.

22 دقيقة

مختبر GROMACS أمراً فأمراً

pdb2gmx حتى mdrun ثم التحليل.

45 دقيقة

AMBER وNAMD وOpenMM

المحرك أداة، الحقل هو الفيزياء.

20 دقيقة

التحليل

RMSD ليس دليلاً على الاستقرار.

RMSD — المعادلة وسوء الاستخدام

مسطّح لا يعني متقارباً.

28 دقيقة

RMSF وRg وSASA والروابط الهيدروجينية

مرونة، اكتناز، سطح، استمرار التفاعل.

26 دقيقة

PCA ومشهد الطاقة وDCCM

تفسير حذر للتجاويف.

30 دقيقة

التقارب والمعاينة والنسخ

متوسط الكتل وعدم اليقين.

32 دقيقة

أخطاء MD الشائعة

من الخطوة الزمنية إلى ادّعاء الاستقرار.

22 دقيقة