المعجم العلمي
المصطلحات العلمية تُحفظ بالإنجليزية داخل النص العربي.
Force field · مجال قسري / حقل قوة
نموذج تجريبي لطاقة الوضع الذرية: bonded + nonbonded.
الاستخدام: MD وتقليل الطاقة وبعض دوال التقييم.
لا تكسر روابط عادة، شحنات ثابتة غالباً، نقل من جزيئات صغيرة.
Scoring function · دالة تقييم
دالة رخيصة لترتيب هيئات أو مركبات.
الاستخدام: التحام وفرز.
ليست ΔG. منحازة لقواعد بيانات التدريب.
Binding free energy · طاقة ارتباط حرة
فرق غيبس بين معقد وحالة منفصلة عند معيار.
الاستخدام: تفسير الألفة والمقارنة داخل سلسلة.
صعب حسابياً. MM/PBSA تقريب نهاية حالة.
GAFF / GAFF2 · حقل ليغند عام
حقل عام لجزيئات عضوية صغيرة متوافق مع Amber.
الاستخدام: طوبولوجيا الليغند قبل MD.
شحنات وtorsion قد تضعف على كيمياء غير مألوفة.
PME · Particle Mesh Ewald
تقسيم كولوم إلى مباشر قصير وفورييه طويل.
الاستخدام: MD صريح المذيب الدوري.
يفترض دورية. الشحنة الصافية مشكلة.
Applicability domain · نطاق التطبيق
منطقة كيميائية يُوثَق فيها النموذج.
الاستخدام: QSAR وML وADMET.
تعريفه نفسه نموذج.