مختبر البرمجيات
كل أمر قرار فيزيائي. لا برمجية سحرية.
AutoDock Vina
من pdbqt إلى قراءة الهيئة، مع أن الدرجة ليست ΔG.
GROMACS
من pdb2gmx إلى rms، أمراً فأمراً.
RDKit
واصفات وتشابه — الشيفرة في مختبر بايثون بالأكاديمية.