مختبر GROMACS

1 / 4

طوبولوجيا

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o processed.gro -water tip3p

اختر حقلاً متوافقاً مع ليغندك.

لماذا؟: هنا تُولد القوى.

أخطاء شائعة: residue غير قياسي.

2 / 4

صندوق وماء وأيونات

هامش، نموذج ماء، تعادل شحنة.

لماذا؟: PBE والكهروستاتيك الدوري.

ماذا لو؟: صندوق قصير → تلامس الصور.

3 / 4

تقليل واتزان وإنتاج

gmx mdrun -deffnm nvt

NVT ثم NPT ثم إنتاج. thermostat/barostat قرارات.

لماذا؟: الإنتاج على نظام غير متزن يقيس التحضير.

4 / 4

تحليل صادق

gmx rms -s md.tpr -f md.xtc -o rmsd.xvg

محاذاة العمود الفقري قبل RMSD الليغند. نُسخ.

لماذا؟: وإلا تقيس انزلاق الصندوق.