مختبر Vina

1 / 3

حضّر المستقبل

أزل الليغند إن لزم، عيّن بروتنة، اكتب pdbqt.

لماذا؟: الشحنة والهيدروجين جزء من الفيزياء.

ماذا لو؟: His خاطئ يقلب الرتبة.

أخطاء شائعة: بقايا ناقصة تُفتح كجيب كاذب.

2 / 3

عرّف الصندوق

vina --receptor rec.pdbqt --ligand lig.pdbqt --center_x C --size_x S --exhaustiveness 8

الصندوق على دليل الجيب (ليغند بلوري أو موقع معلَّل).

لماذا؟: الخوارزمية تملأ ما تعطيها.

ماذا لو؟: صندوق كبير جداً يبحث السطح.

3 / 3

اقرأ الهيئة لا الرقم

هل المفصلة صحيحة؟ هل هناك clash؟

لماذا؟: العين تمسك ما تفوته الدرجة.