تحليل المسارات

import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.rms import RMSD
u = mda.Universe("top.pdb", "prod.xtc")
R = RMSD(u, reference=u, select="backbone", groupselections=["resname LIG"])
R.run()
# R.results.rmsd columns: frame, time, backbone RMSD, then ligand group

الغرض: RMSD للعمود الفقري ولمجموعة ليغند بعد محاذاة backbone.

المُدخل: طبولوجيا ومسار بوحدات وأسمائ مجموعات صحيحة.

المُخرج: مصفوفة إطار/زمن/RMSD.

المعنى: select يحدد ما يُحاذى. groupselections تُقاس بعد تلك المحاذاة.

أخطاء شائعة: أسماء بقايا الليجند لا تطابق resname؛ أو مسار ناقص الوحدات؛ أو مرجع هيكل مختلف الترقيم.