L25 · 20 دقيقة
التحام المجموعة
هيئة واحدة كذبة مريحة.
الالتحامالديناميكا الجزيئية
أهداف التعلّم
- تبرير التحام المجموعة: المستقبِل هيئة واحدة كذبة مريحة.
- بناء المجموعة من MD أو من بنى تجريبية متعددة لا من عشوائية بلا قيد.
- معرفة تكلفة التوافق الإيجابي الكاذب مع تعدد الهيئات.
هيئة واحدة كذبة مريحة
البروتين يتنفّس. التحام على لقطة بلورية يفترض أن الجيب جاهز لليغند الجديد. Ensemble docking يرسّي على عدة هيئات (بلورات، عناقيد MD). يزيد فرصة إيجاد وضع لجيب مرن ويزيد فرصة دفن الضجيج. يحتاج قاعدة تجميع وهيئة تمرير أصرم لا أضعف.
من أين المجموعة
- عدة PDB لنفس الهدف بحالات مختلفة (DFG-in/out).
- عناقيد من MD للمستقبِل (بحذر من أن apo MD لا يفتح ما يفتحه الليجند).
- لا تخلط حالات وظيفية متعاكسة ثم تفسّر كل الدرجات كآلية واحدة.
لماذا؟ — لماذا لا يكفي رفع exhaustiveness بدل المجموعة؟
لأن البحث يحرك الليجند في جيب مجمَّد. إن كان الجدار مغلقاً فلن تفتحه زيادة البحث. المرونة مشكلة مستقبِل لا مشكلة عينات ليغند فقط.
ماذا لو؟ — ماذا لو أخذت إطاراً كل 1 ns من 100 ns بلا عنقدة ورسيت عليها كلها؟
هيئات متكررة تُضخّم نفس الوضع وتُكلّف وقتاً. عنقود أولاً، ثم ممثلون.
تمرين
اكتب قاعدة مرور ensemble لـ kinase.
| لقطة واحدة | Ensemble | |
|---|---|---|
| الخطر | جيب مغلق يفوّت actives. | إيجابيات كاذبة وتكلفة. |
| متى يُفضَّل | co-crystal عالي الجودة لنفس السلسلة. | مرونة معروفة ودليل حالات متعددة. |