L5 · 20 دقيقة
مختبر الرسم الجزيئي
SMILES حي وخصائص فورية.
الكيمإنفورماتكس
أهداف التعلّم
- ربط الرسم ثنائي الأبعاد بـ SMILES حيّ وخصائص فورية دون الوثوق بالشكل كدليل 3D.
- اكتشاف أخطاء شائعة في الرسم: تكافؤ، stereo، نتروجين عطري.
ما ترسمه هو عقد الحاسوب
المحرر يُصدّر SMILES أو molblock. خطأ نقر على نتروجين يُغيّر النوع الذي سيُرسَم ويُحسب logP له. الرسم 2D لا يثبت أن الأميد مستوٍ في الجيب ولا أن الحلقة تتخذ هيئة كرسي. استخدم الرسم للتواصل والكشف عن الأخطاء، ثم ولّد 3D وافحصه.
قائمة عين قبل التصدير
- كل ذرة تكافؤ معقول؟
- هل الشحنات ظاهرة على الأمونيوم والكربوكسيلات؟
- هل أسافين stereo مرسومة حيث يلزم؟
- هل tautomer هو ما تقصد لا ما اقترحه المحرر؟
لماذا؟ — لماذا يختلف MW الفوري في المحرر عن MW بعد AddHs في RDKit؟
قد يُهمل أحد الطرفين الهيدروجينات أو الأملاح أو النظائر. عرّف هل MW للهيدروجينات الظاهرة أم للصيغة الخام. الاختلاف فرصة QC لا جدلاً تجميلياً.
ماذا لو؟ — ماذا لو نسختَ صورة جزيء من شريحة وأنشأت SMILES يدوياً دون تحقق؟
أخطاء حلقات وشحنات شائعة. حلّل بـ MolFromSmiles وقارن صورة الكائن بالشريحة ذرة-ذرة قبل أي فرز.
مواضيع مرتبطة