مختبر GROMACS أمراً فأمراً

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o processed.gro -water spce

الغرض: تطبيق مجال قوة على البروتين، إضافة هيدروجين حسب اختيارك التفاعلي، وكتابة طوبولوجيا.

المُدخل: ملف PDB نظيف السلسلة قدر الإمكان. الليجند غير القياسي لن يُعامَل هنا كحمض أميني.

المُخرج: processed.gro (إحداثيات) وtopol.top (طوبولوجيا) وملفات posre إن طُلبت قيود.

المعنى: هنا تُحبَس قرارات HIS وtermini ونموذج الماء المتوافق. -water spce يختار SPC/E كموديل ماء متوافق مع خيارات مجال شائعة في GROMOS-like؛ إن اخترت AMBER/CHARMM فستختار نموذج الماء المتوافق في تلك القائمة.

أخطاء شائعة: رواسب غير معروفة (ليجند)، ذرات ناقصة، سلسلة مكسورة، أو اختيار مجال لا يطابق ما ستستخدمه لليجند.

gmx editconf -f processed.gro -o boxed.gro -c -d 1.0 -bt dodecahedron

الغرض: توسيط الجملة وبناء صندوق بهوامش إلى الحافة.

المُدخل: processed.gro من pdb2gmx.

المُخرج: boxed.gro بإحداثيات صندوق في الترويسة.

المعنى: -c توسيط، -d 1.0 هامش بالنانو متر، -bt شكل الصندوق. الهامش قرار PBC لا تجميل.

أخطاء شائعة: نسيان -c يترك البروتين على الحافة. هامش أصغر من أن يكفي لطبقة ماء.

gmx solvate -cp boxed.gro -cs spc216.gro -o solvated.gro -p topol.top

الغرض: ملء الصندوق بماء نموذجي وتحديث عدد جزيئات SOL في الطوبولوجيا.

المُدخل: boxed.gro وصندوق ماء spc216.gro (تكوين قياسي يُعاد توسيعه).

المُخرج: solvated.gro وtopol.top محدَّث بعدد الماء.

المعنى: الماء أصبح جزءاً من N. نسيان -p يترك الطوبولوجيا بلا SOL فيفشل grompp.

أخطاء شائعة: عدم تطابق نموذج الماء مع ما اختير في pdb2gmx، أو بروتين يبرز خارج الصندوق قبل الملء.

gmx grompp -f ions.mdp -c solvated.gro -p topol.top -o ions.tpr

الغرض: تجميع مدخلات المكامل إلى ملف tpr قبل إضافة الأيونات (ولاحقاً قبل كل مرحلة MD).

المُدخل: .mdp (خطوات، قيود، ensemble)، إحداثيات، طوبولوجيا.

المُخرج: ions.tpr وصف كامل للحالة التي سيقرأها genion أو mdrun.

المعنى: grompp هو المدقق: شحنة غير متعادلة، ذرات ناقصة في الطوبولوجيا، و.mdp غير متسق تظهر هنا.

أخطاء شائعة: تحذيرات شحنة، عدم تطابق عدد الذرات بين .gro و.top، أو .mdp يشير إلى مجموعات غير معرّفة.

gmx genion -s ions.tpr -o ionized.gro -p topol.top -neutral

الغرض: استبدال جزيئات ماء بأيونات لتعادل الشحنة (وبعدها يمكن إضافة ملح إن قررت التركيز).

المُدخل: ions.tpr وطوبولوجيا فيها SOL.

المُخرج: ionized.gro وtopol.top بعدد SOL أقل وأيونات مضافة.

المعنى: -neutral يطلب التعادل. الأمر تفاعلي في اختيار مجموعة SOL. الأيونات جزء من الفيزياء الكهربية تحت PME.

أخطاء شائعة: اختيار مجموعة البروتين بدل الماء، أو نسيان تحديث .top، أو طلب تعادل عند نظام متعادل أصلاً دون فهم الخرج.

gmx mdrun -v -deffnm em

الغرض: تشغيل ما وصفه em.tpr: تقليل أو اتزان أو إنتاج حسب .mdp الذي دخل grompp.

المُدخل: em.tpr من grompp (بعد إعداد em.mdp وionized.gro).

المُخرج: em.gro أو مسار، em.edr طاقة، em.log، وربما em.xtc حسب المرحلة.

المعنى: -deffnm يوحّد أسماء الملفات. -v يطبع تقدماً. الفيزياء كلها في tpr لا في هذا السطر.

أخطاء شائعة: LINCS، انفجار طاقة، GPU/CPU غير متوافق مع البناء، أو مسار ناقص لأن القرص امتلأ.