L18 · 18 دقيقة
ChimeraX
cryo-EM والخرائط.
بنية البروتين
أهداف التعلّم
- استخدام ChimeraX لقراءة خرائط cryo-EM وكثافة مع النموذج.
- عدم ملء كثافة ضعيفة بليغند docking دون الإفصاح.
- المقارنة مع PyMOL كأداة لا كولاء.
الخريطة شريك الإحداثيات
ChimeraX قوي مع أحجام cryo-EM والخرائط. النموذج بدون خريطة في دقة متوسطة قصة ناقصة: حلقة قد تكون كثافة ضوضاء. قبل التصميم على بنية EM افتح الخريطة عند عتبات عدة.
فحص كثافة الليجند
- هل يغطي الكثافة كل الليجند أم طرفاً فقط؟
- هل occupancy أو B-factor (في الأشعة السينية) يشكّك في الإشغال؟
- هل يمكن أن تكون الكثافة ماء أو أيوناً أو سلسلة بديلة؟
| PyMOL | ChimeraX | |
|---|---|---|
| قوة شائعة | هيئات ليغند ونشر cartoon/sticks. | خرائط حجمية وcryo-EM. |
| لا يغني عن | إحصاء المسار. | refinement تجريبي. |
لماذا؟ — لماذا تتغيّر القصة بتغيير عتبة الكفاف؟
لأن الكثافة الضعيفة قد تظهر كجسر كاذب بين الليجند والبروتين عند عتبة منخفضة، أو تختفي تماس حقيقي عند عتبة عالية. اعرض عتبتين إن كان التماس حجة.
ماذا لو؟ — ماذا لو صمّمت حول حلقة مبنية في كثافة 4 Å غير متصلة؟
قد تُحسّن نحو ضوضاء. عالج الحلقة كمرنة أو احذفها من فرضية التماس حتى دليل أعلى.
تمرين
اكتب جملة أسطورة نزيهة لشكل يُظهر ليغند docked فوق خريطة EM.
مواضيع مرتبطة