L18 · 22 دقيقة
PyMOL عملياً
هيئة، سطح، نشر.
أهداف التعلّم
- إنتاج هيئة ligand–pocket قابلة للقراءة: cartoon، sticks، hydrogens انتقائية.
- توثيق أوامر المشهد لإعادة الإنتاج.
- رفض إخفاء اصطدامات بزاوية كاميرا مُجملة.
العين قبل الزينة
PyMOL أداة فحص قبل أن تكون أداة غلاف مجلة. المشهد الجيد يُظهر: هل hinge H-bond هندسي؟ هل هناك clash؟ أين الماء؟ الألوان تُرمّز كيمياء (قطبي/كاره للماء) لا ذوقاً.
load 1iep.pdb hide everything show cartoon, polymer show sticks, organic util.cbag hide sticks, elem H show sticks, (organic and elem H) and (neighbor elem N+O) zoom organic, 8
الغرض: عرض تعليمي لمركب عضوي في بروتين مع hydrogens قطبية فقط.
المُدخل: ملف PDB محلي؛ 1IEP مثال تعليمي معروف (Abl–imatinib).
المُخرج: مشهد: cartoon للبروتين وsticks لليغند.
المعنى: إخفاء هيدروجين الكربون يقلل الضجيج دون إنكار الهندسة القطبية.
أخطاء شائعة: لا organic إن كان الليجند مسمّى كبقايا غير قياسية لم تُصنَّف؛ استخدم select by resn.
قواعد مشهد دفاعي
- لا ray-traced جمال يخفي loop محذوف.
- مسافات H-bond تُقاس وتُكتب على الشكل أو في الأسطورة إن كانت حجة.
- حفظ جلسة .pse أو سكربت .pml مع الورقة التكميلية.
لماذا؟ — لماذا sticks لليغند وcartoon للبروتين لا العكس؟
لأن السؤال عادة وضع الليجند بالنسبة للعمود الفقري والجانب السلسلة الملامس. إظهار كل البروتين sticks يقتل القراءة. أظهر side chains الجيب فقط.
ماذا لو؟ — ماذا لو لوّنت البروتين حسب B-factor ثم ادّعيت أن المنطقة الزرقاء «مستقرة في المحلول»؟
B-factor بلوري ليس RMSF محاكاة. هو اضطراب في البلورة/النموذج. فسّره كذلك أو لا تفسّره.
تمرين
اكتب ثلاثة أوامر لإظهار polar contacts دون ادعاء طاقة.
مواضيع مرتبطة