L19 · 18 دقيقة
Git وGitHub
الشيفرة والبروتوكول والملاحظات.
البرمجةمنهج البحث
أهداف التعلّم
- حفظ الشيفرة والبروتوكول والملاحظات في Git لا في مجلد نهائي_2.
- عدم رفع trajectories كبيرة إلى المستودع.
- كتابة رسائل commit تفسّر القرار العلمي.
التاريخ جزء من الدليل
Git يسجّل ماذا تغيّر في المdp والشيفرة. لا يسجّل 100 ns xtc. المستودع: سكربتات، mdp، YAML، جداول صغيرة، ملاحظات. البيانات الضخمة على تخزين معلن مع checksum.
git init && git add environment.yml scripts/*.py mdp/*.mdp README.md && git commit -m "Pin MD protocol and descriptor environment"
الغرض: أول إيداع للبروتوكول لا للمسارات.
المُدخل: ملفات نصية صغيرة.
المُخرج: إيداع بمُعرّف hash.
المعنى: الرسالة تشرح لماذا لا ماذا فقط.
أخطاء شائعة: إضافة *.xtc بالخطأ تُثقل المستودع؛ ضعها في .gitignore.
ما يُتجاهل عادة
- *.xtc *.trr *.dcd *.nc مسارات.
- #*# وملفات swap و__pycache__.
- نتائج وسيطة يمكن إعادة توليدها بسكربت.
لماذا؟ — لماذا رسالة «update» فاشلة علمياً؟
لأنك بعد ستة أشهر لن تعرف إن كان التغيير timestep أم شحنة الليجند. الرسالة: «Raise nstlist; previous neighbour list too short at this density» أفضل.
ماذا لو؟ — ماذا لو عدّلت mdp على العنقود ونسيت السحب إلى اللابتوب قبل الكتابة؟
methods تصف ملفاً غير الذي أنتج الأرقام. اجعل hash الإيداع في سجل التشغيل.
تمرين
اكتب ثلاثة أسطر .gitignore لمشروع MD+RDKit.
مواضيع مرتبطة