Skip
Cأكاديمية CADD

L19 · 16 دقيقة

بيئات Conda

إعادة الإنتاج تبدأ هنا.

البرمجةمنهج البحث

أهداف التعلّم

  • إنشاء بيئة معزولة لكل مشروع محاكاة/كيمإنفورماتكس.
  • تصدير البيئة كملف يُرفق مع الورقة.
  • تجنب تلويث base بالحزم.

إعادة الإنتاج تبدأ هنا

اختلاف إصدار RDKit يغيّر واصفة. اختلاف NumPy قد يغيّر خطأً رقمياً نادراً. البيئة المسماة عقد مع المستقبل.

conda create -n cadd-lab python=3.11 -y

الغرض: إنشاء بيئة باسم معلن وإصدار Python مثبت.

المُدخل: توزيع conda يعمل.

المُخرج: بيئة cadd-lab غير مفعّلة بعد.

المعنى: لا تثبت على base. الاسم يُذكر في methods.

أخطاء شائعة: Conflicts عند خلط قنوات بلا داع. ثبّت القناة في توثيقك إن استخدمت conda-forge.

conda activate cadd-lab && conda env export --from-history > environment.yml

الغرض: تصدير ما طُلب تثبيته صراحة (غالباً أسهل إعادة من التجميد الكامل).

المُدخل: بيئة مفعّلة.

المُخرج: ملف YAML.

المعنى: --from-history يتجنّب أحياناً قوائم pinned هائلة غير قابلة للنقل بين الأنظمة. للتجميد الكامل conda list --explicit.

أخطاء شائعة: تصدير من بيئة خاطئة إن نسيت activate.

لماذا؟ — لماذا بيئة لكل مشروع لا واحدة أبدية؟

لأن ترقية RDKit لمشروع جديد يجب ألا تُعيد أرقام QSAR لمشروع قديم. العزل رخيص مقارنة بإعادة الحساب.

ماذا لو؟ — ماذا لو ثبّت زميل حزمة في base على جهاز مشترك؟

كسرت بيئات الجميع عند أول تعارض. اتفقوا: base نظيف، مشاريع بأسماء.

تمرين

اكتب سطر methods يصف بيئة واصفات.

مواضيع مرتبطة