L19 · 16 دقيقة
بيئات Conda
إعادة الإنتاج تبدأ هنا.
أهداف التعلّم
- إنشاء بيئة معزولة لكل مشروع محاكاة/كيمإنفورماتكس.
- تصدير البيئة كملف يُرفق مع الورقة.
- تجنب تلويث base بالحزم.
إعادة الإنتاج تبدأ هنا
اختلاف إصدار RDKit يغيّر واصفة. اختلاف NumPy قد يغيّر خطأً رقمياً نادراً. البيئة المسماة عقد مع المستقبل.
conda create -n cadd-lab python=3.11 -y
الغرض: إنشاء بيئة باسم معلن وإصدار Python مثبت.
المُدخل: توزيع conda يعمل.
المُخرج: بيئة cadd-lab غير مفعّلة بعد.
المعنى: لا تثبت على base. الاسم يُذكر في methods.
أخطاء شائعة: Conflicts عند خلط قنوات بلا داع. ثبّت القناة في توثيقك إن استخدمت conda-forge.
conda activate cadd-lab && conda env export --from-history > environment.yml
الغرض: تصدير ما طُلب تثبيته صراحة (غالباً أسهل إعادة من التجميد الكامل).
المُدخل: بيئة مفعّلة.
المُخرج: ملف YAML.
المعنى: --from-history يتجنّب أحياناً قوائم pinned هائلة غير قابلة للنقل بين الأنظمة. للتجميد الكامل conda list --explicit.
أخطاء شائعة: تصدير من بيئة خاطئة إن نسيت activate.
لماذا؟ — لماذا بيئة لكل مشروع لا واحدة أبدية؟
لأن ترقية RDKit لمشروع جديد يجب ألا تُعيد أرقام QSAR لمشروع قديم. العزل رخيص مقارنة بإعادة الحساب.
ماذا لو؟ — ماذا لو ثبّت زميل حزمة في base على جهاز مشترك؟
كسرت بيئات الجميع عند أول تعارض. اتفقوا: base نظيف، مشاريع بأسماء.
تمرين
اكتب سطر methods يصف بيئة واصفات.