L4 · 26 دقيقة
الجيوب والمواقع التفارغية
حفرة تقويمية ليست الموقع الوحيد.
بنية البروتينالتصميم البنيوي
أهداف التعلّم
- التفريق بين موقع تقويمي وموقع تفارغي وقناة وواجهة PPI.
- تقدير حجم وقطبية الجيب قبل اختيار مكتبة أو شكل ligand.
الحفرة التقويمية ليست القصة كاملة
الموقع التقويمي يربط الركيزة أو ligand طبيعي. التفارغي يُغيّر الوظيفة من بعيد عبر هيئة. القنوات تضيف مساراً لا حفرة فقط. واجهات البروتين-بروتين أسطح واسعة ضحلة يصعب ملؤها بجزيء صغير. اختيار الموقع قرار بيولوجي قبل أن يكون قرار docking box.
| تقويمي | تفارغي | |
|---|---|---|
| الانتقائية | قد تكون صعبة داخل عائلة تشترك الركيزة (كينازات ATP). | قد تمنح انتقائية إن كان الموقع أقل حفظاً — إن وُجد. |
| التنافس | ينافس ركيزة/ATP؛ القوة تعتمد على التركيز الفسيولوجي. | قد يكون غير تنافسي؛ الهيئة أهم من ملء حفرة الركيزة. |
| خطر النموذج | بنية holo للركيزة غالباً متاحة. | قد تحتاج بنية مع مُعدِّل؛ apo قد يُغلق الموقع. |
PDB 3ERT
Loading structure…
3ERT: مستقبل إستروجين مع ligand. لاحظ أن الجيب تجويف مدفون نسبياً — نوع حجم يُناسب جزيئاً صغيراً لا ببتيداً كبيراً.
لماذا؟ — لماذا يفشل فرز على موقع تقويمي إن كان الهدف يُنظَّم تفارغياً في الخلية؟
لأنك تُحسّن ارتباطاً في هيئة قد لا تسود داخل الخلية، أو تنافس ligand طبيعي عالي التركيز. السؤال البيولوجي أولاً: أي هيئة هي المَرَضية؟
ماذا لو؟ — ماذا لو وضعتَ صندوق الالتحام على أكبر تجويف بينما البلورة تُظهر ligand في جيب جانبي أصغر؟
ستُغربل مكتبة نحو المكان الخطأ. الحجم ≠ الأهمية. حدّد الصندوق من كيمياء حيوية وبنية holo لا من أقصى فراغ.
مواضيع مرتبطة