L4 · 22 دقيقة
الأحماض الأمينية في الجيب
من الجانب السلسلة إلى التفاعل.
أهداف التعلّم
- ربط كل فئة حمض أميني بنمط تفاعل في الجيب (شحنة، H-bond، كاره، عطري، معدن).
- توقع أثر طفرة محافظة مقابل جذرية على هيئة ligand.
السلسلة الجانبية كيمياء الجيب
العمود الفقري يمنح NH وC=O في كل بقايا؛ التمايز يأتي من الجانب. Asp/Glu تقبل جسراً ملحياً وقد تُمسك معادن. Lys/Arg تمنح شحنة موجبة وأذرع طويلة مرنة. Ser/Thr/Tyr تمنح OH. Asn/Gln تمنح وتستقبل دون شحنة صافية. His ثلاث حالات بروتنة. Phe/Tyr/Trp سطوح π. Cys قد يكون ثيول أو جسر S–S أو ربيطة معدن. Ile/Leu/Val/Met ملء كاره. Gly مرونة؛ Pro كسر حلزون.
أسئلة مصمم أمام بقايا
- هل البقايا مدفونة أم معرّضة؟ الشحنة المكشوفة تُغربل بالماء.
- هل لها هيئة بديلة (altloc) أو B-factor عالٍ؟ المرونة قد تخدع التحاماً جامداً.
- هل هي موقع طفرة مقاومة معروف في العائلة؟
PDB 1IEP · STI
1IEP: اقرأ بقايا hinge والكيس الكاره حول imatinib كقاموس تفاعل لا كصورة جميلة.
لماذا؟ — لماذا يجب أن تفحص بروتنة His وGlu/Asp قبل أن تُفسّر جسراً ملحياً في الشكل؟
الجسر يحتاج شحنتين. His محايد يحوّل التفاعل إلى H-bond أضعف أو تنافر. Asp بروتوني نادر في الماء قد يحدث في جيب منخفض العزل. قرار البروتنة قرار طاقة لا تجميل PDB.
ماذا لو؟ — ماذا لو طابقتَ ligand لـ Lys ممتدة في بلورة بينما في المحلول تنطوي على نفسها؟
ستُثبّت مجموعة سالبة في حجم قد لا يبقى. ensemble docking أو نظرة على B-factor والبلورات الأخرى أصدق من سلسلة واحدة جامدة.
مواضيع مرتبطة