L4 · 26 دقيقة
الماء والمعادن والعوامل المرافقة
حذفها قد يحذف الفيزياء.
بنية البروتينالالتحام
أهداف التعلّم
- تصنيف المياه والمعادن والعوامل المرافقة قبل الحذف أو الإبقاء.
- معرفة أن حذف شبكة ماء أو Mg/Zn قد يحذف فيزياء الارتباط.
ليس كل ما ليس بروتيناً ضجيجاً
الماء الجسري، Mg في موقع ATP، Zn في هيدرولاز، heme، NAD: شركاء. بروتوكول «احذف كل HETATM إلا ligand» يُنتج جيباً خيالياً. المعادن تحتاج شحنات وأنواعاً في force field؛ إهمالها يترك تجويفاً بشحنة ناقصة يجذب ligands زائفة.
قواعد عمل تعليمية
- ماء ضمن مسافة H-bond من ligand أو من بقايا محفوظة: أبقِ أو اختبر الإزاحة صراحة.
- معادن منسّقة: أبقِها، وراجع protonation للسلاسل المنسّقة (His, Cys, carboxylate).
- cofactor إن كان الموقع يعمل معه فسيولوجياً: لا ترسّم الموقع فارغاً وتدّعي مثبطاً تنافسياً دون نقاش.
PDB 1HSG
Loading structure…
1HSG: افحص المياه قرب المثبط. أي كرة حمراء قد تكون جسراً لا زينة.
لماذا؟ — لماذا تفشل حقول MM أحياناً حول Zn حتى بعد إبقائه؟
لأن التناسق تساهمي جزئياً والاستقطاب عالٍ. شحنة ثابتة + LJ تقريب فظ. قد تحتاج معاملات معدنية خاصة أو QM/MM إن كان سؤالك هندسة التناسق أو حمضية ligand المنسّق.
ماذا لو؟ — ماذا لو رسّمتَ كيناز بلا Mg وبلا ماء في موقع الفوسفات؟
ستملأ ligands سالبة حجماً كان للمعادن/الماء، أو تُخطئ اتجاه مجموعات الفوسفات المحاكية. هذا نمط فشل docking معروف: الكيمياء الحيوية تقول مغنيسيوم، الملف يقول تجويف.
مواضيع مرتبطة