L4 · 28 دقيقة
فحص ملف PDB بعمق
رواسب ناقصة، هيئات بديلة، روابط غير قياسية.
أهداف التعلّم
- فحص ملف PDB بحثاً عن رواسب ناقصة وaltloc وروابط غير قياسية وأرقام بقايا لا تُطابق UniProt.
- معرفة أن التحضير (H، طرفيات، أسماء ذرات ligand) جزء من العلم لا زرّاً.
اقرأ الملف كنص
المشاهد 3D يُخفي HEADER وREMARK وCONECT وHETATM. ابحث عن missing residues، crystal contacts، التعبير (طفرات التبلور)، ووجود SO4 أو جليكول يحتل الجيب. ligand تحت اسم ثلاثي الأحرف قد يكون تساهمياً أو مربوطاً بـ LINK. أرقام البقايا في الكينازات غالباً غير أرقام الورقة الطبية — وثّق التحويل.
أعلام في الملف
- altloc: لا تدمج A+B في ذرة واحدة.
- HETATM غير ligand: أيونات، سكريات، جزيئات تبلور.
- نهايات مقطوعة لتيسير التبلور قد تكون قرب الجيب.
- أسماء ذرات ligand غير قياسية تُكسر force field لاحقاً.
grep -E 'REMARK 465|REMARK 470|ANISOU|^HETATM|^LINK' structure.pdb | head
الغرض: معاينة سريعة لفجوات النموذج والروابط غير القياسية وHETATM.
المُدخل: ملف PDB خام من البنك.
المُخرج: أسطر تذكر بقايا ناقصة أو روابط LINK أو جزيئات غير بروتين.
المعنى: وجود REMARK 465 يعني أن الإحداثيات لا تغطي التسلسل الكامل — خريطة خطر للالتحام.
أخطاء شائعة: بعض الملفات الحديثة mmCIF فقط؛ عندها استخدم أداة تحويل أو ابحث في الـ cif عن missing.
لماذا؟ — لماذا تُفسد أسماء ذرات ligand الخاطئة MD أكثر من الالتحام أحياناً؟
الالتحام قد يستخدم مولداً من الإحداثيات فقط. MD يطلب تطابق أسماء مع topology (GAFF/CGenFF). اسم خاطئ = نوع ذرة خاطئ = شحنة وLJ خاطئان = انفجار أو فيزياء صامتة الفساد.
ماذا لو؟ — ماذا لو تجاهلتَ جزيء إيثيلين جليكول في الجيب لأنه «مضاف تبلور»؟
قد يكون يحتل hotspot ماء/ligand. بعد حذفه يفتح الالتحام حجماً لم يكن فارغاً فسيولوجياً بالضرورة. افحص إن كان الموضع ماءً في بنى أخرى.
مواضيع مرتبطة