L5 · 28 دقيقة
البصمات ومعامل تانيموتو
ECFP/Morgan وMACCS، وما الذي تعنيه 0.7.
أهداف التعلّم
- تفسير بصمة Morgan/ECFP وMACCS ومعامل تانيموتو كتشابه تمثيل لا كتشابه فارماكولوجي مضمون.
- تفسير ماذا تعني عتبة مثل 0.7 تعليمياً ولماذا لا تُقدَّس.
بتات الجيران لا بتات الجيب
Morgan/ECFP يُهش بيئة كل ذرة حتى نصف قطر (غالباً 2). MACCS مفاتيح بنيوية يدوية. تانيموتو = تقاطع/اتحاد البتات. 0.7 يعني أن التمثيلين متشابهان تحت تلك العدسة — لا أن Kd متشابه. سلسلة scaffold hopping قد تملك تانيموتو منخفضاً ونفس الفيزياء.
معامل تانيموتو
نسبة البتات المشتركة إلى كل البتات المشتعلة في أي من البصمتين.
- A, Bمجموعتا البتات المشتعلة
- Tالتشابه في [0,1]
T حساس لطول البصمة والكثافة. مقارنة 0.7 من Morgan-2 مع 0.7 من MACCS خلط عدسات.
تطبيق في التصميم الدوائي: استخدم العتبة داخل بروتوكول واحد (نفس البصمة) لتجميع أو لإزالة شبه مكررات، واذكرها في methods.
لماذا؟ — لماذا قد يتشابه مركبان بتانيموتو عالٍ ويفترقان في الالتحام؟
البصمة قد تتجاهل فرقاً صغيراً في موضع مانح يُحدد H-bond، أو stereo، أو شحنة. الجيب قاسٍ هندسياً؛ البصمة متسامحة طوبولوجياً.
ماذا لو؟ — ماذا لو بنيتَ مجموعة خداع (decoys) بتانيموتو منخفض عن actives لكن بنفس الشحنة والحجم؟
هذا أقرب لاختبار حقيقي من decoys عشوائية أسهل. إن كانت decoys غير متطابقة في الخواص الفيزيوكيميائية، فالإثراء قد يأتي من MW لا من الجيب.
تمرين
بصمتان: A بتات {1,2,3} وB {1,2,4}. احسب تانيموتو.
مواضيع مرتبطة