Skip
Cأكاديمية CADD

L5 · 22 دقيقة

الهياكل الأساسية والتنوّع

Bemis–Murcko ولماذا المكتبة المتشابهة تخدع الإثراء.

الكيمإنفورماتكسالفرز الافتراضي

أهداف التعلّم

  • استخراج هيكل Bemis–Murcko وفهم كيف تخدع المكتبة المتكررة إثراء الفرز.
  • استخدام التنوع كشرط صحة لا كزينة في تقرير VS.

الإثراء قد يكون تكرار هيكل

Bemis–Murcko يُبقي الحلقات والروابط بينها ويُسقط السلاسل الجانبية. إن كانت الـ 50 «أفضل» درجة كلها مشتقات إندول واحد، فأنت لم تُثبت أن الدالة تُعمم؛ أثبتّ أنها تُحب ذلك الهيكل — ربما لأنه في تدريب scoring أو لأنه يملأ الجيب صدفة. التنوع يُقاس قبل أن تُعلن نجاح الشاشة.

ماذا تفعل بالهيكل

  • إزالة التكرار قبل حساب ROC/EF.
  • اكتشاف أن actives التجريبية كلها هيكل واحد: نطاق QSAR ضيق.
  • scaffold hop واعٍ: احتفظ بالفيزياء (مانح/مستقبل) لا بالرسم.
لماذا؟ — لماذا تبدو شاشة داخلية «رائعة الإثراء» على مكتبة تجارية متكررة؟

لأن مئات المركبات شبه مكررة تُحسب نجاحات مستقلة. منحنى ROC يُسمن. أعد الحساب بعد تجميع الهيكل أو بعد اختيار ممثل لكل عنقود تانيموتو.

ماذا لو؟ — ماذا لو قدّمتَ أفضل 10 مركبات للتخليق وهي كلها نفس الـ Murcko مع ميثيل زائد؟

الكيميائي سيصنع سلسلة واحدة. إن فشل الهيكل، فشلت الشاشة كلها. اختر ممثلين من عدة هياكل حتى لو انخفضت الدرجات قليلاً.

مواضيع مرتبطة