L21 · 16 دقيقة
البيئة والبذور والبيانات الوصفية
نسخ البرمجية حقل إلزامي.
منهج البحث
أهداف التعلّم
- تثبيت إصدارات البرمجيات والبذور والعتاد كبيانات وصفية إلزامية.
- حفظ checksum للملفات الخام الكبيرة.
- إعلان ما لا يمكن تجميده (سائق GPU للموقع).
نسخ البرمجية حقل إلزامي
methods بلا إصدار GROMACS وforce field وRDKit ليست methods. البذرة العشوائية في الالتحام أو في تقسيم QSAR تُذكر إن أثّرت. العتاد إن كانت الدقة المختلطة جزءاً من القصة.
سجل تشغيل أدنى
- Git commit hash.
- أوامر أو سكربت التشغيل.
- إصدارات المحرك والحقل وCUDA إن لزم.
- بذور النُسخ.
- تاريخ ولقطة المكتبة إن كان فرز.
sha256sum raw/pdb/1iep.pdb > raw/pdb/1iep.pdb.sha256
الغرض: بصمة للملف الخام حتى تُكتشف الاستبدالات الصامتة.
المُدخل: ملف خام.
المُخرج: هاش سداسي عشري.
المعنى: إن تغيّر الهاش فقد تغيّر الأصل.
أخطاء شائعة: حساب الهاش على الملف المعالَج بدل الخام يفرغ الفكرة.
لماذا؟ — لماذا البذرة إن كان العلم ليس «عشوائياً»؟
لأن بحث الالتحام والتقسيم العشوائي مولدان شبه عشوائيين. البذرة تجعل الإعادة ممكنة وتكشف إن كان الاستنتاج هشاً تجاهها.
ماذا لو؟ — ماذا لو أُعيد تشغيل التحليل بعد ترقية صامتة لـ RDKit في البيئة المشتركة؟
تغيرت واصفات بلا أثر في Git إن لم تُثبَّت البيئة. لذلك environment.yml وhash الإيداع معاً.
تمرين
اكتب بطاقة بيانات وصفية من ستة حقول لنسخة MD.
مواضيع مرتبطة