L21 · 14 دقيقة
تنظيم المجلدات والأسماء
raw / work / results.
منهج البحث
أهداف التعلّم
- تنظيم raw / work / results ومنع الكتابة فوق الخام.
- تسمية الملفات باسم المركب والنسخة والتاريخ أو الـ hash.
- فصل مدخلات البروتوكول عن المخرجات الضخمة.
المجلد عقل خارجي
raw/ ما نُزّل أو قيس ولا يُعدَّل. work/ تجارب قابلة للحذف وإعادة التشغيل. results/ جداول وأشكال تذهب إلى الورقة. بلا هذا الفصل ستُنقّح PDB الخام حتى لا تعرف ما الذي رسا فعلاً.
أسماء تُنقذ بعد سنة
- ligA_r2_prod.xtc لا final_final2.xtc.
- mdp والإصدار في الاسم أو في sidecar json.
- لا مسافات في أسماء المسارات على العنقود.
لماذا؟ — لماذا results منفصلة عن work؟
حتى يمكن مسح work لإخلاء القرص دون أن تختفي الأشكال التي في الورقة. الأشكال أيضاً يجب أن تُولَّد من سكربت يمكنه إعادة البناء.
ماذا لو؟ — ماذا لو حفظت كل شيء على سطح المكتب باسم ligand؟
بعد أسبوعين لا تميز النسخة الناجحة عن الفاشلة. الشبكة العنقودية أيضاً قد لا ترى سطح المكتب.
تمرين
ارسم شجرة دنيا لمشروع فيه PDB وmdp وثلاث نُسخ وشكل RMSD.
عند وصول ملف جديد
1ضعه في raw
باسم المصدر والتاريخ.
2انسخ إلى work للمعالجة
لا تعالج مكان الخام.
3اكتب في README من أين جاء
PDB id أو مورد المكتبة.
مواضيع مرتبطة