L19 · 22 دقيقة
الصدفة والأوامر
cd وgrep وawk بما يكفي لباحث.
البرمجة
أهداف التعلّم
- التنقل في الملفات وتشغيل أوامر المحاكاة من الصدفة بثقة.
- استخدام المسارات النسبية وإعادة التوجيه دون تدمير مخرجات.
- قراءة stderr عندما يفشل gmx.
الصدفة مختبر الباحث
لن تُشغّل GROMACS من قائمة ملونة إلى الأبد. cd وls وpwd وmkdir وcp وmv وgrep كافية للبداية. المسار الخاطئ يُشغّل المحاكاة على ملف قديم بصمت.
pwd && ls -l && mkdir -p work/md && cd work/md
الغرض: معرفة أين أنت وإنشاء شجرة عمل.
المُدخل: صدفة في مشروعك.
المُخرج: المسار المطلق وقائمة الملفات ثم دليل جديد.
المعنى: pwd يفضح أنك لست حيث تظن — السبب الأشيع لتشغيل mdp خاطئ.
أخطاء شائعة: Permission denied أو مسار فيه مسافات غير مقتبس.
أدوات يومية
- grep -n pattern file.log لصيد خطأ في سجل mdrun.
- tail -n 50 md.log لآخر الطاقة.
- cat وless للقراءة؛ لا تفتح ملفاً 2 GB في محرر رسومي.
لماذا؟ — لماذا لا يكفي الفأرة؟
لأن العنقود لا فأر له، ولأن السكربت يُعيد الإنتاج، ولأن سجل الأوامر تاريخ تجربتك.
ماذا لو؟ — ماذا لو شغّلت mdrun > log.txt بدون 2>&1 وفشلت الرسالة على الشاشة التي أُغلقت؟
stdout فقط في الملف. stderr ضاع. أعد التوجيه 2>&1 أو استخدم -deffnm الذي يكتب md.log.
تمرين
اكتب أمراً ينشئ raw/ work/ results/ تحت مشروع ligandA.
مواضيع مرتبطة