L4 · 20 دقيقة
تسلسل البنية
أولي إلى رباعي.
بنية البروتين
أهداف التعلّم
- تمييز المستويات الأولي إلى الرباعي ومعرفة أي مستوى يُحدّد الجيب الذي ترسّمه.
- اكتشاف أن تجاهل شريك oligo قد يحذف نصف الموقع.
الجيب قد يعيش بين سلاسل
الأولي: التسلسل والروابط التساهمية (جسور S–S). الثانوي: حلزون وصحيفة وعروة. الثالثي: انطواء سلسلة واحدة. الرباعي: تجميع سلاسل. HIV protease موقعها بين وحيدتين؛ كثير من واجهات PPI جيوب ضحلة على حدود سلاسل. قصّ السلسلة B «للتبسيط» قد يكون حذف الهدف.
قبل أن تُبقي سلسلة واحدة
- اقرأ REMARK وassembly في PDB: ما الوحدة البيولوجية؟
- هل ligand يلمس سلسلة أخرى؟
- هل المعدن أو العامل المرافِق يُنسَّق من سلسلتين؟
PDB 1HSG
Loading structure…
1HSG: protease ثنائي. الجيب على الواجهة — مثال تعليمي على مستوى رباعي لا يُحذف.
لماذا؟ — لماذا تختلف الوحدة غير المتماثلة عن الوحدة البيولوجية؟
البلورة قد تحتوي نصف ثنائي، والثنائي يكتمل بالتناظر. إن رسّمتَ ما في الملف الخام فقد تنقصك الواجهة. استخدم أداة توليد symmetry أو سجل المؤلف للتجميع.
ماذا لو؟ — ماذا لو أجريتَ MD على monomer لبروتين يعمل ثنائياً لأن الصندوق أصغر؟
ستُعاين سطحاً كان يجب أن يكون واجهة، وقد ينفتح الجيب أو ينهار بشكل غير فيزيائي. التوفير في الصندوق يشتري فيزياء واجهة مكشوفة زائفة.
مواضيع مرتبطة