L4 · 20 دقيقة
حلزون وصحيفة وعروة
العُرى غالباً مكان الارتباط.
بنية البروتين
أهداف التعلّم
- تمييز حلزون وصحيفة وعروة، ومعرفة لماذا العُرى غالباً مكان الارتباط والاضطراب.
- قراءة أن الحلزون في hinge أو غطاء الجيب قد يتحرك أكثر مما يوحي شريط PyMOL.
الشريط الملوّن فرضية هندسية
α-helix: H-bond دوري بين C=O وNH، جانبية نحو الخارج. β-sheet: H-bond بين خيوط، سطحان قد يكون أحدهما كاره الجيب. العُرى: أقل تقييداً، غالباً تُشكّل الفم، وغالباً أعلى B-factor وأقل اكتمالاً في الكثافة. تصميمك على عروة ناقصة إحداثيات مبني على هواء.
ما الذي يهم CADD
- غطاء حلزوني (kinase αC) هيئته تُغيّر الجيب — بنية apo قد لا تكفي.
- عروة غنية بـ Gly مرنة؛ تثبيتها في docking قرار.
- صحيفة β قد تمنح نمط H-bond منتظماً لـ ligand شبيه ببتيد.
لماذا؟ — لماذا تفشل إعادة الالتحام أحياناً رغم «بنية عالية الدقة» إذا كانت العروة مفتوحة؟
الدقة تصف البلورة ككل لا ثبات العروة في المحلول. العروة المفتوحة في بلورة قد تنغلق على ligand. المستقبل الجامد يحتفظ بفم واسع فتتولّد هيئات ضائعة. ابحث عن بنية holo أو مرونة محلية.
ماذا لو؟ — ماذا لو قصصتَ عروة مضطربة لأنها «تعيق الالتحام»؟
قد تحذف غطاءاً يغلق على المركب أو شحنة تُوجه ligand. إن قُصّت، صرّح أن النموذج ناقص ولا تُرتّب مركبات تملأ حجم العروة المحذوفة.
تمرين
عروة في الجيب B-factor أعلى بوضوح من العمود الفقري المحيط، وبعض ذراتها ناقصة. هل تعتمدها كحائط جامد للالتحام؟
مواضيع مرتبطة