L6 · 30 دقيقة
AMBER وCHARMM وOPLS وGROMOS
فلسفات لا مجرد أسماء.
الميكانيكا الجزيئيةالديناميكا الجزيئية
أهداف التعلّم
- تمييز فلسفات AMBER وCHARMM وOPLS وGROMOS لا حفظ شعاراتها فقط.
- رفض خلط طوبولوجيا عائلة مع معاملات أخرى دون وعي 1-4 والمياه.
العائلة حزمة اتساق
AMBER: تاريخياً شحنات RESP، بروتينات شائعة في الدواء، GAFF لليجند. CHARMM: شحنات مختلفة، CMAP للعمود الفقري، CGenFF لليجند، مياه CHARMM. OPLS: تركيز على سوائل عضوية ودقة سائلة. GROMOS:united-atom في نسخ شائعة. الفلسفة تُحدد 1-4 والمياه وأنواع الذرات معاً.
| AMBER-like | CHARMM-like | |
|---|---|---|
| شحنات ligand النمطية | RESP أو AM1-BCC مع GAFF/OpenFF. | CGenFF (قواعد/مواءمة) لا RESP تلقائياً. |
| ماء شائع | TIP3P (متغيرات AMBER). | TIP3P المعدّل لـ CHARMM أو TIP3P/CHARMM. |
| خطر الهجين | ligand CGenFF على بروتين AMBER يكسر الاتساق. | GAFF على بروتين CHARMM نفس الخطر بالاتجاه المعاكس. |
لماذا؟ — لماذا يُعدّ اختيار الماء جزءاً من اختيار الحقل؟
معاملات البروتين دُرّبت أو اختُبرت مع ماء معيّن (شحنة، هندسة، LJ). TIP3P مع حقل يتوقع ماءً آخر يُغيّر الإذابة والضغط. اذكر الماء في methods كذكر الحقل.
ماذا لو؟ — ماذا لو أخذتَ طوبولوجيا ligand من CGenFF وشغّلتها في محرك مع خيارات 1-4 الخاصة بـ AMBER؟
تُعاد وزن coulomb/LJ القريبة خطأً فتتغير التواءات وشحنات فعّالة. المسار قد يبدو مستقراً وهو على سطح هجين غير مُعاير.
مواضيع مرتبطة