L6 · 26 دقيقة
مجالات قوة الليجند
GAFF وCGenFF وOpenFF.
الميكانيكا الجزيئيةالالتحام
أهداف التعلّم
- التفريق بين GAFF وCGenFF وOpenFF كطرق لإلباس ligand معاملات.
- كشف فشل الإسناد: أنواع ذرات مفقودة، التواء عام، شحنات لا تُطابق العائلة.
الليجند ليس حمض أميني في القاموس
حقول البروتين لا تعرف دواءك. GAFF (وGAFF2) يمد AMBER بأنواع عامة. CGenFF يمد CHARMM بقواعد ومواءمة. OpenFF يسعى لمعاملات من بيانات فيزيائية/QM بشكل منهجي أكثر. كلها تقريبات: حلقة نادرة أو معدن أو بورون قد تسقط إلى نوع «عام» خطير.
QC بعد توليد الطوبولوجيا
- هل كل ذرة نوع معروف لا X عام؟
- هل مجموع الشحنات يساوي الشحنة الصافية التي اخترتها؟
- هل الأميد مستوٍ بعد min قصيرة؟
- هل تظهر تحذيرات penalty عالية في CGenFF؟
لماذا؟ — لماذا لا تُنسخ طوبولوجيا ligand من مشروع قديم على بنية SMILES «قريبة»؟
فرق ذرة واحدة يُغيّر أنواعاً وشحنات. النسخ يُنتج ملفات تعمل شكلياً وفيزياء لجزيء آخر. ولّد من الملف الحالي ثم قارن.
ماذا لو؟ — ماذا لو تجاهلتَ penalty مرتفعاً على التواء في CGenFF لأن المحاكاة «لم تنفجر»؟
عدم الانفجار يعني التكامل لم يكسر، لا أن الحاجز صحيح. قد تزور هيئات محرّمة أو ترفض bioactive. أعد مواءمة التواء بـ QM أو غيّر التمثيل.
مواضيع مرتبطة