L7 · 20 دقيقة
HOMO وLUMO وMEP
خريطة الكهروستاتيك للتصميم.
الكيمياء الكموميةالتصميم البنيوي
أهداف التعلّم
- قراءة HOMO وLUMO وMEP كخرائط للكثافة والكهرباء الساكنة تفيد التصميم لا كأرقام سحرية للارتباط.
- ربط السالب على MEP بمستقبل H-bond أو أنion، والحذر من الخرائط في الفراغ.
الخريطة فرضية بصرية
MEP يلون جهداً كهروستاتيكياً على سطح كثافة: أزرق/أحمر (حسب المقياس) يُشير إلى مناطق موجبة/سالبة. HOMO/LUMO مدارات حدية تهم كيمياء تفاعل (نواكلوفيل/إلكتروفيل) أكثر من docking كلاسيكي. المصمم يستخدم MEP ليسأل: أين يُشير زوج البيريدين؟ هل السلفوناميد سالب كما نظن بعد التأين؟
لماذا؟ — لماذا قد يُضلل MEP في الفراغ لligand يتأين في الماء؟
النوع المحسوب قد يكون المحايد بينما الجيب يرى أنion. الخريطة تتحدث عن جزيء آخر. احسب MEP للنوع الغالب عند pH العمل، ويفضّل بمذيب ضمني إن كان السؤال إذابة/قطبية.
ماذا لو؟ — ماذا لو صمّمتَ على بقعة MEP سالبة كانت ناتج tautomer خاطئ؟
ستضع مانح بروتين حيث لا يوجد مستقبل في النوع الحقيقي. ابدأ بالـ tautomer/pKa ثم ارسم MEP.
تمرين
بيريدين مقابل فنيل في نفس الموضع. ماذا تتوقع على MEP قرب النتروجين مقابل CH؟
مواضيع مرتبطة