L7 · 22 دقيقة
تحسين الهندسة والشحنات
هيئة وRESP قبل GAFF.
أهداف التعلّم
- تنفيذ فكرة تحسين هندسة ligand وRESP قبل GAFF كسلسلة قرارات.
- معرفة أن الحد الأدنى الغازي قد لا يكون bioactive، وأن تحسين QM لا يُلغي فحص التواء MM.
الشحنات على هيئة خاطئة شحنات لجزيء آخر
سلسلة شائعة في عالم AMBER: ابنِ 3D، حسّن بـ QM (أو على الأقل بميدان جيد)، احسب ESP، اشتق RESP، ألبس GAFF. إن حُسّنت هيئة مطوية داخلياً في الغاز بينما bioactive مفتوحة، قد تُثبَّت شحنات تُفضّل الطيّ. الحل: هيئات متعددة، أو تحسين بمذيب ضمني، أو متوسط شحنات.
سلسلة قرارات تعليمية
1النوع الكيميائي
tautomer والشحنة الصافية قبل أي تحسين.
2الهيئة
لا تعتمد مولداً واحداً إن كان عدد الدورانات كبيراً.
3QM opt
مستوى متسق مع بروتوكول الشحن؛ تحقق من ترددات إن ادّعيت حدّاً أدنى.
4RESP ثم GAFF
ثم QC التواء وأميد ومستوى الشحنة الكلية.
لماذا؟ — لماذا لا يكفي تحسين MM ثم RESP على تلك الهيئة؟
قد يكفي لكثير من ligands الصلبة. يفشل حين يُخطئ MM التواء π أو هندسة حول نتروجين. QM يُصلح الهندسة المحلية قبل أن تُقفل الشحنات. المبالغة: QM على كل مكتبة.
ماذا لو؟ — ماذا لو حسّنتَ QM في الغاز ثم وجدتَ في MD التواءاً يزور 90° لأميد؟
GAFF لا يحترم حاجز الأميد (إسناد)، أو القيود ناقصة. لا تلُم QM. أصلح bonded ثم أعد.
مواضيع مرتبطة